個人繳費及企業繳費中按一定比例劃入的部分，構成個人賬戶。員工參加基本醫療保險后，社會保險基金管理中心為每一位員工在北京市商業銀行建立一個專為基本醫療保險服務的活期存款專用賬戶，該賬戶資金用于員工支付醫療費用，并由社會保險基金管理中心按月撥付(如發生企業欠費，欠費期間將不撥付)，使用方法同一般存折，但只能用于取錢。
個人賬戶資金(詳見下表)
| 員工年齡 | 單位繳納部分劃轉 | 個人繳納部分 | 合計 | 基數 | |
| 在職職工 | 不滿35周歲 | 0.8% | 2% | 2.8% | 個人繳費基數 |
| 35周歲至45周歲 | 1% | 2% | 3% | ||
| 45周歲以上 | 2% | 2% | 4% |
職工個人繳納的基本醫療保險費全部計入本人的個人帳戶，再從單位繳納的基本醫療保險費中拿出30%，按照職工不同年齡劃分檔次注入個人帳戶。具體比例為：
35周歲以下的按本人繳費工資基數的0.8%劃入;
35周歲至45周歲的按本人繳費工資基數的1%劃入;
45周歲至退休的按本人繳費工資基數的2%劃入;
70歲以上退休人員個人賬戶按每人每月110元劃入，70歲以下退休人員個人賬戶按每人每月100元劃入。
個人帳戶的資金為個人所有，每位職工將有一個醫療存折，個人帳戶的錢貯存在里面，可以用來看病，可以結轉使用和繼承，其存儲額每年參考銀行同期居民活期存款利率計息。
個人帳戶用于支付門、急診醫療費用;到定點藥店購藥費用;使用統籌基金時需由個人負擔的醫療費用。
基本醫療保險個人帳戶個人賬戶可以支付門、急診醫療費用;到定點藥店購藥的費用;基本醫療保險統籌基金起付標準金(含)以下的醫療費用，起付標準金以上最高支付限額以下按比例應由個人負擔的醫療費用;個人賬戶超支部分由本人自理。
基本醫療保險個人帳戶的資金存儲額按照當時銀行活期存款利率計息，但不需要繳納利息稅。
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